Molekulárně genetické vyšetření 34 mutací a 1 polymorfismu CFTR genu metodou CF StripAssay
Princip metody CF StripAssay
Princip stanovení mutací pomocí StripAssay® kitu je založen na PCR (Polymerase Chain Reaction - polymerázová řetězcová reakce) a následné reverzní hybridizaci. Kit kombinuje několik PCR reakcí do dvou multiplexových (několikanásobných) testů. Při multiplex PCR reakci jsou specificky namnoženy sledované úseky genu CFTR. V reakci jsou přítomny pro každou mutaci dva primery. Jeden je specifický pro sekvenci s mutací, druhý pro normální sekvenci. Při hybridizaci analyzujeme, které úseky byly namnoženy, zda jsou přítomny sledované mutace.
Celý proces se skládá ze tří kroků: (1) izolace DNA, (2) PCR amplifikace s biotinylovanými primery, (3) hybridizace amplifikovaných PCR produktů na testovacím stripu (proužku), který obsahuje alelicky specifické oligonukleotidové sondy imobilizované na stripu ve vodorovných proužcích. Navázané biotinylované sekvence jsou poté detekovány pomocí streptavidin- alkalické fosfatázy a barevného substrátu tohoto enzymu.
Kit detekuje 34 mutací a 1 polymorfismus v CFTR genu:
CFTRdel2,3 (21kb), I507del (-ATC), F508del (-CTT), 1717-1G>A, G542X, G551D, R553X, R560T, 2143delT, 2183AA>G, 2184delA, 2184insA, 2789+5G>A, R1162X, 3659delC, 3905insT, W1282X, N1303K [Teststrip A];
G85E, 394delTT, R117H, Y122X, 621+1G>T, 711+1G>T, 1078delT, R334W, R347H, R347P, A455E, 1898+1G>A, 3120+1G>A, 3272-26A>G, Y1092X, 3849+10kbC>T, IVS8 5T/7T/9T [Teststrip B].
Zdroj : www.pentagen.cz
Seznam mutací a polymorfismů na stripu A a B:
